基本解释
裸藻门(Euglenophyta)是较低等的一个类群，裸藻门、绿藻门、金藻门及甲藻门中的一些
种类。无细胞壁，植物体除个别种类为树状群体外，都是具鞭毛游动型的单细胞体。多数种类含有与绿藻门相似的色素体，有或无蛋白核，仅有少数种类不具色素体而成为无色种类，但贮藏物质均为类似于淀粉的副淀粉和脂肪。全世界约40属，1000多种。中国现记录有20属,约300种。分布较广。多数产于淡水，少数产于咸水和半咸水，极少数生长在潮湿土壤上或冰雪中，也有寄生或附生的种类。
详细解释
主要特征
裸藻门又叫眼虫藻门，绝大多数种类都无细胞壁，有1-3根鞭毛，能自由游动的单细胞植物。
此种鞭毛在电子显微镜下可见鞭毛上有1列螺旋排列的鞭茸(mastigoneme),故称此种鞭毛为茸鞭毛型(tinseltype)鞭毛;藻类还有另一类尾鞭型(whiplashtype)鞭毛，鞭毛平滑无附毛。裸藻具有细胞核和载色体，细胞核较大。细胞进行有丝分裂时，核膜核仁不消失，有纺锤体，但没有染色体纺锤丝，纺锤丝在染色体之间穿过至两极。核中部凹陷，中期向两侧扩展，染色体移至核相对的两端，以环沟在核中部将核分开成2个子核，称该核为中核。本门植物有绿色和无色的两种类型，在绿色种类中细胞内有载色体，含有叶绿素a和b、β-胡萝卜素和叶黄素。贮藏物质是裸藻淀粉(paramylum)及油。裸藻大部分种类为无色类型，营腐生生活，或为动物的营养方式，能吞食固体食物。本门植物主要以细胞纵裂的方式进行繁殖，有性生殖尚不能确定。
形态构造
裸藻门除胶柄藻属外，都是无细胞壁，有鞭毛，能自由游动的单细胞植物。裸藻细胞的最外层是原生质膜，在质膜内，由蛋白质构成周质体(periplast)，因此，周质体是细胞的内部构造。电子显微镜下观察，周质体是由多条壁纹(stripe)密接组成的，这些壁纹螺旋状包围着藻体。有些种的周质体薄，易弯曲，藻体能变形。还有些种的周质体厚而硬，使藻体有固定形状。有些属如囊裸藻属(Trachelomonas)，能分泌一种带孔的囊壳(lorica)，鞭毛由囊壳孔伸出。藻体前端有胞口(cytostome)和狭长的胞咽(cytopharynx)，胞咽下部的膨大部分叫储蓄泡(reservoir)。储蓄泡周围有一至多个伸缩泡(contractilevacuole)。鞭毛1—3根，由中央轴丝和外部的鞭毛鞘组成。轴丝是由微管构成的，鞭毛鞘是原生质膜构成的。电子显微镜下鞭毛鞘上有1列螺旋排列的鞭茸(mastigoneme)，故称此种鞭毛为茸鞭型(tinseltype)，横断面在鞭毛鞘内周边部有9条轴丝，每条轴丝由两条微管组成;中央有两条轴丝，每条轴丝由一条微管组成，通常称此为9+2条轴丝。眼点位于储蓄
泡与胞咽之间的背面，一般由20至50个橙色油滴组成，其中主要含有β-胡萝卜素或其衍生物。眼点有趋光性。细胞核较大，现已证明核在静止期就有粒状或丝状染色体。细胞是有丝分裂，在分裂过程中核膜不消失，有纺锤体，但没有染色体纺锤丝，纺锤丝在染色体之间穿过至两极。中期核仁开始拉长，至后期断开分为两个子核仁。后期整个核开始拉长，子染色体分开至两极，末期拉长的核断开分为两个子核，这些表明了有丝分裂的原始性，称此种核为中核。
细胞内有许多载色体，其内含有叶绿素a和b、β-胡萝卜素和三种叶黄素。在电子显微镜下，载色体有3层膜包围，外边1层是内质网膜，里边两层是载色体膜，类囊体是3条一束。载色体上有时有蛋白核(pyrenoid)。同化产物是裸藻淀粉(paramylum)和油。裸藻淀粉是裸藻的特有产物，只存在于细胞质中，绝不在载色体中。裸藻的无色类型营腐生生活，或为动物的营养方式，吞食固体食物。
繁殖方式
裸藻以细胞纵裂的方式进行繁殖。细胞分裂可以在运动状态下进行，也可以在胶质状态下进行。分裂开始，着生鞭毛一端发生凹陷，同时细胞核开始有丝分裂，鞭毛器和眼点也分裂，这些过程结束后，细胞本身发生缢裂。缢裂的结果，叶绿体和裸藻淀粉粒在每个子细胞中各保留一半，一个子细胞保留原有的鞭毛，另一个子细胞长出一条新的鞭毛。在胶质状态下，细胞分裂时首先失去鞭毛，并分泌厚的胶被，细胞在胶被内反复分裂，形成许多细胞的胶群体(palmella)，环境适宜时，每个细胞发育成1个新的个体。有时细胞停止运动，分泌一层厚壁，变成胞囊(cyst)。胞囊可渡过恶劣环境。环境好转时原生质从厚壁中脱出，萌发成新个体。裸藻没有无性生殖，有性生殖尚不能确定。
分布特点
裸藻大多数分布在淡水，少数生长在半咸水，很少生活在海水中，特别是在有机质丰富的水中，生长良好，是水质污染的指示植物，夏季大量繁殖使水呈绿色，并浮在水面上形成水华。裸藻有两个属生活在两栖类的消化管内。
代表植物
(一)裸藻属(Euglena)
属于裸藻目。细胞纺锤形、长纺锤形或圆柱形，前端宽而钝圆，后端锐，无甲鞘。周质体
的弹性大小，因种而异。有两根鞭毛，1根由储蓄泡底部经过胞咽和胞口伸出，第二根鞭毛退化，保留在储蓄泡内。细胞核大，圆形。细胞内有许多载色体，分布近于原生质体表面，称这位载色体。少数种的载色体是中轴位，一般为星状，数目较少，只1—2个，
本属约155种，分布全世界，主要生活于含有机质的淡水中，如池塘、水沟等，半咸水中也有，只有1种裸藻(E.marina)为海生。
棵藻目中常见的还有扁裸藻属(Phacus)和囊裸藻属(Trachelomonas)。扁裸藻和裸藻显著的区别，在于藻体是侧扁的。囊裸藻的细胞外面有1个囊壳。
(二)柄裸藻属(胶柄藻属)(Colacium)
属于柄裸藻目。细胞有壁，无鞭毛，以细胞前端的胶质柄附着于轮虫、枝角类的浮游动物体上。因此，眼点和储蓄泡都在下端。细胞构造和裸藻属相似。细胞分裂时，子细胞自己分泌出1个胶质柄，不脱离母体，仍留在母细胞柄上，集合成1个群体。细胞可以从母体上脱出，发育成单鞭毛的游动细胞，作暂短游动之后，失去鞭毛，分泌出细胞壁和胶质柄，附着于1个新的动物体上。
(三)扁裸藻属(Phacus)
细胞明显侧扁，鞭毛1条，眼点明显，桔红色，运动个体，细胞表质硬，形状固定，扁平。正面观一般圆形、卵形或椭圆形。有的呈螺旋形扭转。顶端具壳缝，后端呈尾状。表质具纵向或螺旋形排列的线纹、点纹或颗粒。色素体大多为盘状，多数，副淀粉较大，常1-多个，呈环形、假环形、圆盘形、球形、线轴形、哑铃形等各种形状，有时还有一些球形、卵形或杆状的小颗粒。
(四)囊裸藻属(壳虫藻属)(Trachelomonas)
细胞外具有囊壳，囊壳形状有球形、椭圆形、圆柱形、纺缍形等多样，囊壳表面光滑
或具点纹、孔纹、网纹、棘刺等纹饰。囊壳由于铁质沉积而呈黄色、橙色或褐色。囊壳前端具一圆形的鞭毛孔，1条鞭毛由此伸出。领部有或无。有或无环状加厚圈。细胞裸露无壁，位囊壳内，其特征与裸藻属相似。分布广。鱼池中常可大量生殖形成优势种群，可形成黄褐色至黑褐色云彩状水华。
(五)鳞孔藻属(定形裸属)(Lepocinclis)
细胞表质硬，形状固定，有球形、卵形、椭圆形、纺缍形，后端多数呈渐尖形或具尾刺。表质具纵向或螺旋形排列的线纹或颗粒。鞭毛1条，眼点红色1个，色素体盘状，多数，副淀粉常为2个，大型，环状，侧生。本属种类不很常见，也很少大量生殖成为优势种群。
(六)陀螺藻属(Strombomonas)
细胞具囊壳，囊壳较薄，呈陀螺形，前端逐渐收缩呈长领，领与囊体间无明显界限。囊壳后端常渐尖，具一长尾刺。无色或黄褐色，囊壳光滑或具皱纹，如囊裸藻似的纹饰很少。鞭毛1根，眼点较大，色素体盘状，多数。裸藻淀粉圆形，椭圆形或颗粒状。
(七)双鞭藻属(Eutreptia)
细胞具二条等长鞭毛，其基部各具一颗粒体，细胞纺缍形，表质柔软，易变形，表质具细线纹。色素体圆盘形，多数。副淀粉常呈球形或杆形的小颗粒。具眼点。
(八)变胞藻属(素裸藻属)(Astasia)
细胞形态易变，常为纺缍形或圆柱形，表质具线纹。具1条鞭毛。营腐生性营养。
(九)弦月藻属(Menoidium)
细胞形状固定或略变，明显侧扁。月牙形或豆荚形，中间宽两端窄。前端多呈颈状，横切面呈三角形，表质多数具明显的纵线纹。副淀粉杆形或环形，多数。鞭毛1条，腐生性营养。
分类地位
按照1950年G.M.史密斯的分类系统，裸藻门仅裸藻纲(Euglenophyceae)1纲2目即裸藻目(Euglenales)和柄裸藻目(Colaciales)，前者包括能自由运动的种类，分为3科：①裸藻科(Euglenaceae)，②变胞藻科(Astasia-ceae)，③袋鞭藻科(Peranemaceae);后者包括附生的种类，仅柄裸藻科(Colaciaceae)1科。常见
的种类多属于裸藻科的裸藻属 (Euglena)、扁裸藻属(Phacus)和囊裸藻属(Trachelomonas)。
裸藻门中，多数种在营养时期具有鞭毛，鞭毛藻的构造和习性兼有动物和植物的特征，因人们把鞭毛藻作为动、植物的共同祖先。在植物界的自然发展中，有些植物学家认为，鞭毛藻是无鞭毛藻类和其他植物进化发展的中心，因为大多数藻类在营养时期没有鞭毛，但到生殖期(除红藻和蓝藻外)都能产生具鞭毛的生殖细胞。不仅如此，菌类、苔藓、蕨类和裸子植物的铁树，在生殖时产生的雄性生殖细胞也都有鞭毛。因此，鞭毛藻类既是藻类的祖先，也是其他植物的祖先。
现存裸藻的色素，和绿藻相同，认为两者关系密切。但两者运动型细胞的原生质体结构显著不同，贮藏的营养物质、鞭毛的数目及类型，和绿藻都不同。据目前所知，没有任何资料能证明哪一种藻类是从裸藻发展进化来的，也没有哪一种藻类在发展史上与裸藻有亲缘关系，因而裸藻和绿藻的关系是模糊不清的。从裸藻门藻体的形态结构看，也有从自由游动到不游动，从单细胞到群体的进化趋势。
生态意义
无色种类在污水处理中常见的有袋鞭藻属，变胞藻属等，对污水具有一定的净化作用。血红裸藻可在养鱼池大量生殖，是肥水、好水的标志，可作为某些滤食性鱼类的饵料。
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